Thomas Harriot (1560 ?–1621) est célèbre pour ses travaux novateurs tant dans le domaine de l'algèbre que de la philosophie naturelle. Dans cet article, on se propose d'examiner sa pensée sur les combinaisons dans trois contextes ; celui du langage (les anagrammes), celui de la philosophie naturelle (les atomes) et celui de la théorie des nombres. On considérera cette pensée dans le cadre de trois débats historiographiques, à savoir : 1) si ou non, il existe deux mentalités opposées au seuil de la modernité, à savoir l'occulte et la scientifique ; 2) si à cette époque les « sciences mathématiques » sont distinctes de la philosophie naturelle ; et 3) si cette philosophie comprend, au-delà d'une étude de la nature elle-même, celle des attributs du créateur de la nature. Du cas Harriot, on concluera que ce mathématicien est capable d'une pensée mathématique fort abstraite, libérée de l'idéologie sociale, religieuse et politique de son temps (sans que ce contrat s'étende à ce qu'il a à dire sur l'alchimie, ou sur les problèmes des mathématiques appliquées, comme celui de la longitude), et qu'il est capable, comme bien de ses contemporains, de compartimenter son esprit de façon à s'engager mentalement selon des modes fort divers dans les différents domaines de son univers intellectuel.